El siglo XVI: época de reformas
El siglo XVI representó un punto de inflexión en la historia del monasterio y de sus bienes a partir de los cambios originados por la unión de las coronas catalanoaragonesa y castellana y por la reforma franciscana de la estricta observancia, en el marco de una reforma general de la Iglesia. En el ámbito interno del monasterio, los cambios impulsados por el rey Fernando I de Aragón, con la voluntad de buscar una cohesión política y religiosa para su territorio, afectaron a la propia configuración del espacio religioso y al funcionamiento interno de la comunidad. Paralelamente, las relaciones con el norte de Europa conllevaron el acercamiento de nuevas corrientes de espiritualidad que defendían una religiosidad más intimista y que en el monasterio se reflejaron en la proliferación de las celdas de día.
Las abadesas de linajes catalanes fueron sustituidas por abadesas vinculadas a importantes linajes castellanos, como sor Teresa Enríquez (1495-1507), sor María de Aragón (1515-1519), hija natural del rey Fernando, y sor Teresa de Cardona (1521-1562), prima del rey.
La instauración de la reforma de la observancia durante este siglo implicó el refuerzo de la clausura, con el cierre de todos aquellos espacios que suponían un contacto con el exterior. Se mejoró y embelleció el interior del monasterio, sobre todo los espacios comunitarios, como el claustro, el refectorio, la sala del Ángel y el dormitorio; se construyó el tercer piso del claustro, y se renovaron las vidrieras de la iglesia.
Hacia finales del siglo XVI , se empezó a manifestar una progresiva decadencia económica y física del monasterio. Gracias a las donaciones, fundamentalmente por parte del Consejo de Ciento de la ciudad de Barcelona, se pudieron costear las intervenciones posteriores, como el portal exterior con el escudo de la ciudad o la nueva enfermería, sufragada con 600 ducados del rey Felipe II donados en el año 1568.
El monasterio no permaneció ajeno al contexto sociopolítico del país. Ya en el siglo XV, durante la Guerra Civil entre Juan II y la Generalitat (1472-1475), las monjas se vieron obligadas a abandonar por primera vez el monasterio, lo que supuso una ruptura drástica del espíritu de la clausura. Al estallar la Guerra de los Segadores (1640), las monjas abandonaron de nuevo Pedralbes y no regresaron hasta tres años más tarde. En 1714, con el fin de la Guerra de Sucesión y el decreto de Nueva Planta, el monasterio perdió la protección del disuelto Consejo de Ciento.
