El segle XVI: època de reformes
El segle XVI va representar un punt d’inflexió per a la història del monestir i dels seus béns a partir dels canvis originats per la unió de les corones catalanoaragonesa i castellana i la reforma franciscana de l’estricta observança, dins una reforma general de l’Església. En l’àmbit intern del monestir, els canvis impulsats pel rei Ferran I d’Aragó, amb la voluntat de cercar una cohesió política i religiosa per al seu territori, van afectar la configuració mateixa de l’espai religiós i el funcionament intern de la comunitat. Paral·lelament, les relacions amb el nord d’Europa van portar l’acostament de nous corrents d’espiritualitat que defensaven una religiositat més intimista i que al monestir es reflectiren en la proliferació de les cel·les de dia.
Les abadesses de llinatges catalans foren substituïdes per abadesses vinculades a importants llinatges castellans, com ara sor Teresa Enríquez (1495-1507), sor Maria d’Aragó (1515-1519), filla natural del rei Ferran, i sor Teresa de Cardona (1521-1562), cosina del rei.
La instauració de la reforma de l’observança durant aquest segle va comportar el reforç de la clausura, amb el tancament de tots aquells espais que suposaven un contacte amb l’exterior. Es va millorar i embellir l’interior del monestir, sobretot els espais comunitaris, com ara el claustre, el refetor, la sala de l’Àngel i el dormidor; es va construir el tercer pis del claustre, i es van renovar els vitralls de l’església.
Cap a finals del segle XVI, es va començar a manifestar una progressiva decadència econòmica i física del monestir. Gràcies a les donacions, fonamentalment per part del Consell de Cent de la ciutat de Barcelona, es van poder costejar les intervencions posteriors, com el portal exterior amb l’escut de la ciutat o la nova infermeria, sufragada amb 600 ducats del rei Felip II donats l’any 1568.
El monestir no va ser aliè al context sociopolític del país. Ja al segle XV, durant la Guerra Civil entre Joan II i la Generalitat (1472-1475), les monges es van veure obligades a abandonar per primera vegada el monestir, fet que suposà un trencament dràstic de l’esperit de la clausura. En esclatar la Guerra dels Segadors (1640), les monges van abandonar de nou Pedralbes i no hi van tornar fins tres anys més tard. El 1714, amb la fi de la Guerra de Successió i el decret de Nova Planta, el monestir va perdre la protecció del dissolt Consell de Cent.
