El 26 de marzo de 1326 se colocaba la primera piedra en la cabecera del templo, y al año siguiente se inauguraba el nuevo cenobio junto con la iglesia. Asistieron a la ceremonia los reyes y los máximos representantes de los estamentos eclesiásticos, la nobleza y la burguesía urbana. En aquel momento, ingresaron las primeras doce monjas, dos laicas y quince novicias procedentes del primer monasterio de clarisas de Barcelona, el de San Antonio.
La reina Elisenda de Montcada fundó el monasterio de Pedralbes y lo dotó con sus propios bienes, creyendo que sería su residencia en vida y su mausoleo una vez muerta. Esto le reportó una gran influencia sobre la comunidad, marcando su día a día con sus disposiciones.
La idea de construir el monasterio fue compartida por otras mujeres de su clan familiar, emparentadas por matrimonio con toda la nobleza del país. Algunas de ellas residieron junto a la reina y otras ingresaron a sus hijas en el convento como religiosas. Así, durante siglos, los cargos relevantes dentro de la comunidad recayeron en manos de las familias próximas a la reina. Francesca Saportella, sobrina de Elisenda, ejerció de abadesa desde 1336 hasta su muerte, en el año 1364, dos meses antes que la reina. Durante este tiempo, el patrimonio del monasterio fue aumentando significativamente con las rentas y donaciones otorgadas por la reina, la casa real y otros benefactores procedentes de las clases acomodadas de la sociedad que ingresaban a sus hijas en Pedralbes.
El hecho de que el primer grupo de monjas ingresase en el monasterio solo un año después del inicio de las obras evidencia la existencia de espacios en uso mientras la iglesia y otras dependencias principales estaban aún en proceso de construcción. Los estudios apuntan que la primera obra concluida dentro de la iglesia fue el coro bajo, un espacio aislado que permitía al mismo tiempo la celebración del culto y el avance de las obras.
Las obras de la iglesia avanzaban a buen ritmo. Un privilegio episcopal permite deducir que a finales de la década de 1330 se concluyó el perímetro, con las capillas laterales y las bóvedas de los tres tramos de los pies del edificio. En 1341 ya se celebraba culto en una de las capillas laterales y, dos años más tarde, un contrato firmado por la abadesa Francesca Saportella da a conocer la existencia de la capilla de San Miguel —ubicada en el claustro y adyacente a la cabecera de la iglesia—, cuya decoración encargó al pintor Ferrer Bassa. En 1348 se contrató al hijo de este maestro, Arnau Bassa, para que se hiciese cargo de la decoración del muro de los pies de la iglesia, la cual, por lo tanto, ya debía estar acabada y cubierta. El resto de la iglesia se terminó a lo largo de la segunda mitad del siglo XIV, y en los siglos siguientes experimentó pocas modificaciones estructurales. Aun así, el campanario no se coronó hasta el siglo XV.
La iglesia de Pedralbes es uno de los mejores testimonios del gótico meridional, ya que ha sufrido pocas transformaciones y conserva en gran medida su fisonomía original. Presenta una cabecera poligonal y una única nave de siete tramos cubiertos con bóvedas de crucería, y tiene tres capillas laterales a cada lado.