La primera descripción de las estancias del monasterio se encuentra en un inventario redactado a la muerte de la abadesa Francesca ça Portella, en el año 1364. Siguiendo el orden del documento, el recorrido se inicia en la sacristía de la iglesia para pasar a continuación a describir el espacio de la enfermería, que seguramente estaba ubicada en el mismo lugar que en la actualidad.
Pese a que el inventario no lo menciona explícitamente, una primera estancia de la enfermería se correspondería con la actual abadía. Esta sala, tal y como su nombre indica, servía para usos relacionados con el cargo de abadesa. Actualmente la estancia presenta una decoración con cortinajes que, al menos en parte, parece ser que data de ese período original, y está presidida por la escena de la Crucifixión, donde también aparecen las imágenes de san Francisco y santa Clara, fundadores de la orden franciscana. Años más tarde se añadiría a esta estancia un cuerpo superior como espacio personal de la abadesa: el retiro de la abadesa.
El resto del cuerpo con funciones de enfermería requería la realización de obras ya en 1437, cuando el Consejo de Ciento de la ciudad, como protectores del monasterio, solicitaron a la abadesa que no llevara a cabo ninguna reforma porque era necesario modificar totalmente el espacio. A pesar de este estado deficitario, la nueva enfermería aún tardaría más de un siglo en ser construida.
El cuerpo que cierra el claustro por el lado más meridional fue sucesivamente intervenido a partir del siglo XVI, especialmente la enfermería. No obstante, la abadía es el mejor testimonio de la estructura gótica que originalmente configuraba esta parte del monasterio, cubierta con arcos diafragma.
La abadía conserva su apariencia gótica original a través de sus ventanas apuntadas, así como de su cubierta, envigada y sostenida por un arco diafragma. El tramo occidental de la estancia es de proporciones más pequeñas con respecto al oriental, ya que en un momento aún por determinar se construyó el pasillo que hoy separa la abadía de la enfermería y que da acceso al denominado «paso del Bulló».
El espacio de la enfermería gótica estuvo en uso hasta bien entrado el siglo XVI, cuando su deficiente estado de conservación motivó su sustitución por el edificio actual. Sin embargo, la pared que se abre en el claustro y los numerosos paramentos conservados en la planta baja ponen de manifiesto la estructura de la antigua edificación. Estos testimonios indican que la enfermería gótica seguía la misma estructura arquitectónica que la abadía, aunque no es posible certificar la antigua existencia de arcos diafragma.