La regla monástica de las clarisas marcaba claramente el tipo de rezos que debían realizarse en comunidad a lo largo de la jornada, sin mencionar la oración personal. No obstante, algunas noticias dejan constancia de la proliferación de espacios personales de oración que no eran aprobados por los superiores eclesiásticos que las visitaban.
La construcción de un tercer nivel en el claustro permitió disponer de espacio adicional para la construcción de más celdas privadas de oración. En este piso se conservan aún dos pequeñas celdas que la tradición denomina «ermitas», en clara alusión al aislamiento que buscaban las religiosas que las habitaban y que remite a los primeros siglos del cristianismo, cuando la opción de vivir una vida aislada dedicada a la oración y el ascetismo tuvo gran predicamento. Con la implantación de la vida monástica comunitaria, esta forma de vida no desapareció, y cerca de los grandes monasterios existían ermitas donde monjes y monjas vivían aisladamente, siguiendo este tipo de vida religiosa. La presencia de «ermitas» en el tercer nivel del claustro y sobre los tejados nos remite a esta forma de espiritualidad tan íntima. Algunas de estas «ermitas» sobre tejado aún se conservan, como la de Belén o la de San Andrés.
La evolución de la vida comunitaria y la necesidad de dotarla de nuevos espacios motivó el incremento del número de dependencias conventuales. En este marco se construyó el tercer nivel del claustro, un nuevo ámbito de comunicación entre las dependencias principales y los nuevos espacios añadidos en los niveles más elevados.
La obra del segundo nivel del claustro se dio por concluida a finales de la década de 1420. Sin embargo, algunos problemas de aislamiento de las aguas pluviales y la proliferación de nuevas dependencias de uso privado a su alrededor acabaron forzando la construcción de un nuevo piso. Iniciado a principios del siglo XVI por la galería de la enfermería, esta debió quedar terminada en el año 1516, a raíz de las obras de transformación de la cubierta de la sala capitular. Efectivamente, en este período se decidió coronar el capítulo con un gran mirador transitable protegido por un tejado a cuatro aguas, al que únicamente era posible acceder desde este tercer nivel del claustro.
La obra del piso superior del claustro se prolongó hasta bien entrado el siglo XVII y consistió en la construcción de una galería de pequeños pilares ochavados de piedra, con espaciosos intercolumnios. Sobre esta estructura reposa el envigado y el tejado superior, que canaliza las aguas pluviales hacia la parte central del claustro. Los arcos esquinados que sostienen este tejado han permitido deducir que esta planta del claustro fue reparada en el siglo XVIII.