La regla monàstica de les clarisses marcava clarament el tipus de resos que s’havien de fer en comunitat al llarg de la jornada, sense fer esment de l’oració personal. No obstant això, algunes notícies deixen constància de la proliferació d’espais personals d’oració que no eren aprovats pels superiors eclesiàstics que les visitaven.
La construcció d’un tercer nivell al claustre va permetre disposar de més espai per a la construcció de més cel·les privades d’oració. En aquest pis, s’hi conserven encara dues petites cel·les que la tradició anomena «ermites», en clara al·lusió a l’aïllament que devien cercar les religioses que les habitaven i que remetien als primers segles del cristianisme, quan l’opció de viure una vida aïllada dedicada a l’oració i l’ascetisme va tenir un fort predicament. Amb la implantació de la vida monàstica comunitària, aquest tipus de vida no va desaparèixer i prop dels grans monestirs es trobaven ermites on monjos i monges vivien aïlladament, seguint aquest tipus de vida religiosa. La presència d’«ermites» al tercer nivell del claustre i damunt de les teulades ens remet a aquest tipus d’espiritualitat tan íntima. Algunes d’aquestes «ermites» sobre teulada encara es conserven, com la de Betlem o la de Sant Andreu.
L’evolució de la vida comunitària i la necessitat de dotar-la de nous espais va motivar l’increment del nombre de dependències conventuals. En aquest marc, es construí el tercer nivell del claustre, un nou àmbit de comunicació entre les dependències principals i els nous espais afegits als nivells més elevats.
L’obra del segon nivell del claustre s’havia donat per conclosa a finals de la dècada de 1420. Tanmateix, alguns problemes d’aïllament de les aigües pluvials i la proliferació de noves dependències d’ús privat al seu entorn van acabar forçant la construcció d’un nou pis. Iniciat a principis del segle XVI per la galeria de la infermeria, aquesta es devia finalitzar l’any 1516, arran de les obres de transformació de la coberta de la sala capitular. Efectivament, en aquest període es decidí coronar el capítol amb un gran mirador transitable protegit per una teulada de quatre vessants, l’accés al qual només es podia fer des d’aquest tercer nivell del claustre.
L’obra del pis superior del claustre es prolongà fins ben entrat el segle xvii i consistí en l’aixecament d’una galeria de petits pilars vuitavats de pedra, amb un espaiós intercolumni. Sobre aquesta estructura reposa l’embigat i la teulada superior, que canalitza les aigües pluvials a la part central del claustre. Els arcs cantoners que sostenen aquesta teulada han permès deduir que aquesta planta del claustre va ser reparada al segle XVIII.