La primera descripció de les estances del monestir es troba en un inventari fet a la mort de l’abadessa Francesca ça Portella, l’any 1364. Seguint l’ordre del document, el recorregut s’inicia a la sagristia de l’església per passar a continuació a descriure l’espai de la infermeria, que devia estar emplaçada al mateix lloc que l’actual.
Malgrat que l’inventari no en fa esment explícitament, una primera estança de la infermeria devia correspondre a l’abadia actual. Aquesta sala, tal com indica el seu nom, havia de servir per a usos relacionats amb el càrrec d’abadessa. Actualment l’estança presenta una decoració amb cortinatges que, almenys en part, sembla que data d’aquest període original, i està presidida per l’escena de la Crucifixió, en què també apareixen les imatges de sant Francesc i santa Clara, fundadors de l’orde franciscà. Anys més tard s’afegiria a aquesta estança un cos superior com a espai personal de l’abadessa: el retret de l’abadessa.
La resta del cos amb funcions d’infermeria necessitava que s’hi fessin obres ja el 1437, quan el Consell de Cent de la ciutat, com a protectors del monestir, van demanar a l’abadessa que no hi fes cap reforma perquè calia modificar totalment l’espai. Malgrat aquest estat deficitari, la nova infermeria tardaria més d’un segle encara a construir-se.
El cos que tanca el claustre per la banda més meridional fou successivament intervingut a partir del segle xvi, especialment la infermeria. L’abadia, però, és el millor testimoni de l’estructura gòtica que originalment configurava aquesta part del monestir, coberta amb arcs diafragma.
L’abadia conserva la seva aparença gòtica original a través de les seves finestres apuntades, com també de la seva coberta, embigada i sostinguda per un arc diafragma. El tram occidental de l’estança és de proporcions més petites respecte de l’oriental, ja que en un moment encara per determinar es construí el passadís que avui separa l’abadia de la infermeria i que dona accés a l’anomenat «pas del Bulló».
L’espai de la infermeria gòtica estigué en ús fins ben entrat el segle XVI, quan el seu deficient estat de conservació en motivà la substitució per l’edifici actual. Tanmateix, la paret que s’obre al claustre i els nombrosos paraments conservats a la planta baixa palesen l’estructura de l’antiga edificació. Aquests testimonis indiquen que la infermeria gòtica seguia la mateixa estructura arquitectònica que l’abadia, per bé que no es pot certificar l’antiga existència d’arcs diafragma.